Здравствуйте.

Автозагрузка не должна включаться, если снята галочка. Возможно что-то отломалось, изучим вопрос.
Что бы отключить текущую автозагрузку, нужно в настройках программы зайти в раздел "Разное" и снять галочку с автозагрузки. http://clip2net.com/s/3QuXVCM

По поводу появляющегося окошка - это однозначно ошибка. Мы о ней знаем, но пока еще не поняли, из-за чего это происходит. В ближайшем релизе починим.